Why did smallpox kill such a large proportion of Indigenous people?

Indigenous populations had no prior exposure to smallpox, so their immune systems had no learned response. In immunologically naive populations, transmission is faster and mortality far higher than in populations with partial immunity from prior exposure.

What is a viral phylogenetic tree and why does it matter here?

Phylogenetics reconstructs evolutionary relationships by comparing DNA sequences. CAM9's position between pre-contact European strains and later colonial-era variants confirms it is an early arrival — not a re-introduction — and fills a gap in the viral family tree.

Will this approach find other colonial-period pathogens in the Americas?

The bioinformatic pipeline that found CAM9 screens for multiple pathogens simultaneously. The same dataset could reveal other diseases in the Camarones 9 population. Researchers have called for expanded analytical infrastructure across Latin America.

Dos momias en Chile guardan la primera prueba genética del origen europeo de la viruela

Durante cinco siglos, la peor epidemia en la historia de las Américas careció de un rastro molecular. Los relatos históricos describían cómo la enfermedad arrasó con los imperios azteca, maya e inca; los registros poblacionales documentaban el colapso; pero el virus en sí nunca había sido recuperado del momento del primer contacto. Dos momias cambiaron eso.

Sus huesos, preservados por la extrema aridez del norte de Chile, contenían fragmentos identificables de Variola major — el virus de la viruela. El hallazgo es la primera evidencia molecular que confirma que la viruela llegó a las Américas desde Europa. Los investigadores, liderados por Bruno Romero González de Trinity College Dublin, recuperaron ADN viral tan distintivo que requirió una nueva designación de cepa: CAM9.

Cómo sobrevivió el ADN viral en los huesos

Los dos individuos — una mujer estimada entre treinta y treinta y cinco años y un hombre de dieciocho a veinte — fueron encontrados en un sitio arqueológico llamado Camarones 9, cerca de la costa del Pacífico en el norte de Chile. Su preservación fue natural: la extrema aridez de la región mantuvo sus restos intactos el tiempo suficiente para que el material orgánico sobreviviera a nivel molecular.

El equipo no buscaba originalmente patógenos. Romero González procesaba muestras óseas para datos de ancestría poblacional cuando aplicó un pipeline bioinformático que escanea lecturas de ADN crudo en busca de firmas de patógenos. El software encontró material viral en ambas momias. Al ser secuenciado y comparado con genomas conocidos de variola, los resultados ubicaron a ambos individuos como víctimas del mismo brote — sus genomas virales eran casi idénticos, descartando exposiciones separadas.

El trabajo se realizó en estrecha colaboración con Constanza de la Fuente Castro de la Universidad de Chile, quien destacó la dificultad técnica: trabajar con ADN antiguo que ha acumulado daños químicos durante siglos y existe en concentraciones muy bajas requiere métodos de detección sensibles y un análisis filogenético cuidadoso para evitar una clasificación errónea.

Qué revela CAM9 sobre el cruce

La posición evolutiva de la nueva cepa es el corazón del hallazgo. En el árbol genealógico viral, CAM9 se ubica entre las líneas europeas medievales documentadas antes del contacto con las Américas y las variantes posteriores de la era colonial encontradas en otras muestras archivadas y momificadas. Esa posición es exactamente donde debería aparecer una cepa recién llegada: aún no había acumulado las mutaciones que surgieron tras generaciones de transmisión en las Américas.

“Los registros históricos pueden captar de manera amplia lo ocurrido en el pasado, pero no son necesariamente super precisos a nivel local”, dijo el doctor Shigeki Nakagome de Trinity College Dublin, coautor del estudio.

La línea de tiempo evolutiva que surge de los datos tiene tres fases. Antes del contacto europeo, la viruela evolucionó rápidamente entre las densas poblaciones del Viejo Mundo. Durante las epidemias coloniales más intensas de los siglos XVII y XVIII, la tasa evolutiva se ralentizó — el virus parece haber alcanzado un óptimo para su transmisión en poblaciones sin inmunidad previa, y la presión selectiva disminuyó temporalmente. Más tarde, cuando las campañas de vacunación redujeron los huéspedes susceptibles, el ritmo evolutivo aumentó nuevamente a medida que el patógeno se adaptaba para evadir la inmunidad parcial.

La escala de la catástrofe que representan estos genomas

Las epidemias que la viruela facilitó reconfiguraron la historia demográfica de dos continentes. Las estimaciones de mortalidad indígena total por la enfermedad y la disruption colonial que ésta permitió alcanzan hasta el noventa por ciento de la población precontacto en las regiones más afectadas, con aproximadamente cuatro millones de muertes atribuibles directamente al patógeno. La enfermedad a menudo precedía a los ejércitos coloniales, extendiéndose a través de redes comerciales indígenas preexistentes y reduciendo la resistencia antes del enfrentamiento militar.

El sitio Camarones 9 no tiene registros históricos de brotes documentados de viruela, lo que plantea una pregunta que los genomas CAM9 por sí solos no pueden responder: ¿cómo llegó el virus tan al sur desde su punto inicial de introducción? Los investigadores sugieren que viajó a través de esas mismas redes comerciales — coherente con la velocidad de propagación epidémica visible en los registros coloniales.

Qué evidencia aún deja abierta esta investigación

La base del estudio son dos individuos de un solo sitio. Eso es suficiente para establecer la existencia y posición evolutiva de CAM9, pero no lo suficiente para determinar cuántas introducciones separadas de viruela ocurrieron en las Américas, qué tan rápido se propagó o si CAM9 representa la introducción inicial o una ola posterior.

El ADN antiguo de muestras tan antiguas está fragmentado y existe en bajas concentraciones, lo que significa que su detección depende de herramientas computacionales entrenadas con familias conocidas de patógenos. Una cepa novedosa — como CAM9 — requiere un cuidadoso posicionamiento filogenético antes de una identificación confiable. Se necesitarán más genomas de otros sitios y períodos para trazar la trayectoria completa.

El rango de fechas de las dos momias — en algún momento entre aproximadamente 1492 y 1631, un lapso de casi 140 años — deja incertidumbre temporal sobre cuándo exactamente la comunidad de Camarones 9 se encontró con el brote. La ubicación del sitio cerca de la costa del Pacífico sugiere que el virus pudo haber llegado a través de rutas comerciales marítimas, pero esa vía sigue siendo especulativa sin evidencia corroborante.

Preguntas frecuentes sobre la viruela y las Américas

¿Por qué la viruela mató una proporción tan grande de pueblos indígenas? Las poblaciones indígenas en las Américas no habían tenido exposición previa a la viruela ni a sus parientes cercanos, lo que significa que sus sistemas inmunitarios no tenían respuesta aprendida. Cuando un virus entra en una población inmunológicamente ingenua, su transmisión es más rápida y la mortalidad mayor que en poblaciones con inmunidad parcial de exposiciones previas. La escala de la mortalidad fue la consecuencia directa de introducir un patógeno a una población que nunca lo había encontrado.

¿Qué es un árbol filogenético viral y por qué importa aquí? La filogenética reconstruye relaciones evolutivas comparando secuencias de ADN entre muestras. Las cepas más nuevas muestran menos mutaciones desde una secuencia ancestral; las derivadas llevan más. La posición de CAM9 entre las cepas europeas precontacto y las variantes posteriores de la era colonial confirma que es una llegada temprana — no una reintroducción desde una ola posterior. Su lugar en el árbol genealógico viral estaba previamente vacío.

¿Este enfoque encontrará otros patógenos de la época colonial en las Américas? El pipeline bioinformático que identificó la viruela en las muestras de Camarones 9 fue diseñado para detectar múltiples patógenos simultáneamente. El mismo conjunto de datos que produjo CAM9 podría contener evidencia de otras enfermedades infecciosas que afectaron a la misma población. El equipo de investigación ha pedido un aumento en la financiación y la infraestructura analítica en instituciones de toda América Latina, para que los futuros hallazgos de sitios arqueológicos de la época colonial puedan ser analizados y conservados en los países donde se encontraron los restos.

El estudio fue publicado en Science. Se espera que el genoma CAM9 sirva como ancla para trabajos comparativos adicionales a medida que los restos de la época colonial en todo el continente sean examinados con métodos similares.

Referencia: Romero González et al., “Ancient smallpox genomes reveal how European colonization brought the disease to the Americas,” Science, 2026. DOI: 10.1126/science.aee6957

Etiquetas: arqueología, ADN antiguo, Bruno Romero González, CAM9, Camarones 9, smallpox